Usando ffmpeg

Assim:Para comprimir um vídeo:

ffmpeg -i input.mp4 -crf 28 output.mp4

Esse outro comando especifica o codec de saída como h265:

ffmpeg -i input.mp4 -vcodec libx265 -crf 28 output.mp4

Para transformar vários arquivos que estão em formato webm (ou qualquer outro formato) para mp4:

for file in *.webm; do ffmpeg -i "$file" -vcodec libx265 -crf 28 "${file%.webm}".mp4; done