Usando ffmpeg

Para comprimir um vídeo:

ffmpeg -i input.mp4 -crf 28 output.mp4

Esse outro comando especifica o codec de saída como h265:

ffmpeg -i input.mp4 -vcodec libx265 -crf 28 output.mp4

Para transformar vários arquivos que estão em formato webm (ou qualquer outro formato) para mp4:

for file in *.webm; do ffmpeg -i "$file" -vcodec libx265 -crf 28 "${file%.webm}".mp4; done

Para apenas converter rapidamente um arquivo em mp4, sem processamento:

ffmpeg -i input.mp4 -codec copy output.mp4

Para mais opções: https://askubuntu.com/questions/352920/fastest-way-to-convert-videos-batch-or-single