Copiar e mesclar duas pastas no terminal

Usando rsync:

rsync -a /origem/ /destino/

No caso acima, vai copiar o conteúdo de origem para destino.

O detalhe é que o destino precisa terminar com /, senão a pasta vai ser copiada dentro da outra, e não mesclada.

Fonte: https://unix.stackexchange.com/questions/149965/how-to-copy-merge-two-directories