Xdebug na linha de comando

Primeiro, inicie a depuração normalmente na IDE

Depois, inclua os parâmetros abaixo no comando:

-dxdebug.mode=debug -dxdebug.client_host=127.0.0.1 -dxdebug.client_port=9003 -dxdebug.start_with_request=yes

Exemplo:

php -dxdebug.mode=debug -dxdebug.client_host=127.0.0.1 -dxdebug.client_port=9003 -dxdebug.start_with_request=yes script.php

Obs.: Se estiver usando o Netbeans, é importante configurar o projeto para rodar como "Local Web Site", ao invés de "Script (running on command line)".